MEGA:系统树(进化树)的构建
主要用于进化分析获得的序列信息。通过它可以编辑序列的数据、进行序列的比对、构建系统发育树和推测对比物种序列间的关联程度及进化距离等。
操作方法
(01)首先在NCBI等文献搜索软件中搜索目的序列,此处以端粒telomere为例,打开其中一个搜索结果
(02)点击右边的Run BLAST进行比对
(03)注意,如果此处输入的是序列,右边的序列比对范围无法设定,如果是编号可以设置,这里我设置的是从1到200个核酸比对
(04)比对的结果及其详细信息就是下面这样(三幅图是连在一起的)。这里我选择了前十个对比序列
(05)在Donwload下设置下载的文本格式,点击Continue进行下载,设置好储存路径。保存好以后将文本打开,格式设置为自动换行
(06)打开MEGA,创建比对框。根据自己的需要选择选项,点击OK。如果需要比对的是核酸,点击DNA,如果是蛋白质点击Protein
(07)点击比对框中Edit菜单下的Insert Sequence From File;选择自己之前下载的序列格式,因为我刚才的是Text文本格式,所以这里我选择Text(注意:如果格式不正确,则之前保存的序列不会出现)。选好格式后,自己的核酸序列文本显示出来,点击后打开
(08)打开后MEGA进行序列比对分析,根据比对结果可通过Edit对序列进行编辑
(09)分析好后点击Date菜单下的Phylogentic Analysis进行构象树分析
(10)然后在主菜单上点击Analysis点击Phylogeny,在选择第二个选项并确定。点击Compute进行比对构建构象树
(11)下面是比对的结果
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