MEGA:系統樹(進化樹)的構建
主要用於進化分析獲得的序列信息。通過它可以編輯序列的數據、進行序列的比對、構建系統發育樹和推測對比物種序列間的關聯程度及進化距離等。
操作方法
(01)首先在NCBI等文獻搜索軟件中搜索目的序列,此處以端粒telomere為例,打開其中一個搜索結果
(02)點擊右邊的Run BLAST進行比對
(03)注意,如果此處輸入的是序列,右邊的序列比對範圍無法設定,如果是編號可以設置,這裏我設置的是從1到200個核酸比對
(04)比對的結果及其詳細信息就是下面這樣(三幅圖是連在一起的)。這裏我選擇了前十個對比序列
(05)在Donwload下設置下載的文本格式,點擊Continue進行下載,設置好儲存路徑。保存好以後將文本打開,格式設置為自動換行
(06)打開MEGA,創建比對框。根據自己的需要選擇選項,點擊OK。如果需要比對的是核酸,點擊DNA,如果是蛋白質點擊Protein
(07)點擊比對框中Edit菜單下的Insert Sequence From File;選擇自己之前下載的序列格式,因為我剛才的是Text文本格式,所以這裏我選擇Text(注意:如果格式不正確,則之前保存的序列不會出現)。選好格式後,自己的核酸序列文本顯示出來,點擊後打開
(08)打開後MEGA進行序列比對分析,根據比對結果可通過Edit對序列進行編輯
(09)分析好後點擊Date菜單下的Phylogentic Analysis進行構象樹分析
(10)然後在主菜單上點擊Analysis點擊Phylogeny,在選擇第二個選項並確定。點擊Compute進行比對構建構象樹
(11)下面是比對的結果
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