如何使用Primer Premier 5軟件設計PCR引物?
攻讀生物相關專業碩士、博士研究生或從事生物相關行業的人員經常會做到PCR實驗,而進行PCR的實驗的首要前提則是需要設計一對好的引物,只有引物設計得恰當、合理,那麼PCR實驗才能進行得順利,並得到自己想要的目的擴增產物。設計PCR引物的網站、軟件有很多種,但最經典的應該算是Primer Premier 5軟件,目前爲止,還有不少人用該軟件設計引物,所以這裏就簡要介紹下如何用該軟件進行一般PCR引物的設計。
操作方法
(01)首先下載安裝並激活Primer Premier 5 軟件,開啟軟件,點擊左上角,選擇“File”→ “New” →“DNA Sequence”,然後複製參考模板DNA序列,在輸入框內點擊Ctrl+V鍵,將DNA序列粘貼進來:
(02)接着點擊左上角“Primer”按鈕,再點擊“Search” 按鈕:
(03)然後選擇並輸入一些參數,一般最上面點擊“PCR Primer”,下面選擇“Pairs”,然後輸入上游(正義,Sense)鏈引物及下游(反義,Anti-sense)鏈引物的設計位置範圍,這個需要你預先知道你要擴增的片段在哪裏,大概估算一下,比如我想擴增參考模板序列的200-2100中間這1900bp長度的片段,我的上游引物就在1-200之間,下游引物就在1900-最尾部之間;接着再輸入一下PCR產物大小範圍,很簡單,比如我想要200-2100中間的1900bp ,那麼最小的PCR產物大小應該是1900bp,當然,一般軟件設計都會大於這個長度的,所以最大的長度可以不受限,但越長往往越難擴,所以適度就好,這裏我就輸入參考模板的最大長度;然後再選擇一下設計的引物長短區間,一般23±3bp或5bp,引物長度越長,一般退火溫度也會越高,搜尋模式的話一般是選擇自動“Automatic”:
(04)接着按左下角的“OK”按鈕,再點一次彈出視窗的“OK”:
(05)這時,軟件自動將已經設計好的引物展示在右上角的視窗,默認按引物對的分數從高到低進行排列,選中某一對引物後,左下角會出現該引物對的一些參數,可以讓我們評判好壞,比如髮夾結構、二聚體、有沒有錯配及引物的長度、起始位置、GC含量等,你可以根據自己的要求選擇適合自己的引物,如果是小白的話,建議從分數最高的引物對開始測試PCR擴增效果。
(06)最後,匯出我們想到的引物對資訊,點擊“File”→ “Print” →“Current Pair”,選擇“Primer Pair”進行打印,一般用虛擬PDF打印機如Adobe、福昕、Doro之類的,確定後選擇儲存位置、名字就可以了,後面我們可以開啟輸出的PDF軟件瀏覽引物對的資訊,並複製這些資訊將其送到相應的生物公司進行引物對的合成。
-
北京故宮有多少間房子
(01)關於北京故宮的房子數量,有不同的說法。有人說故宮有9999間房,有人說故宮的房間應該有9999間半。(02)實際上,故宮所謂的半間房是根本不存在的。文淵閣西頭這間,面積頗小,僅有一作上下用的樓梯,但仍是一整間。根據1972年考古專家們的調查並以四柱爲間計算,故宮有房8707...
-
粘帖怎麼念
(01)"粘帖"這個詞的正確讀音,可以按每個字進行詳細的拆分和念讀。1."粘"(nián)的發音:-"粘"這個詞的第一個字是"粘",發音爲[nián]。(02)-"粘"的聲母是[n],發音時舌尖點住上齒齦,聲音由鼻腔發出。-"粘"的韻母是[ián],音調是輕聲或中聲。-合起來讀作[nián]。...
-
莊子的思想主張是什麼
(01)莊子的思想主張主要包括以下幾點:1.唯心主義的哲學思想:莊子認爲“道”是無限的、自本自根、無所不在的,強調事物的自生自化。他主張一切事物都在變化,沒有什麼是永恆不變的,包括人的認知和觀念。(02)因此,他傾向於主觀唯心主義體系。2.無所用天下爲的政治主張:莊子反...
-
健身的人爲什麼早死?健身可能影響壽命長短嗎
導語:其實很多健身達人的死亡原因並不是健身,而更多的是吸菸和得病,很多人容易將競技體育和健身聯繫在一起,但其實兩者並不能劃等號,因爲很多職業健美運動員在高負荷的運動下,爲了保持身材使用違禁藥物,這都是導致他們壽命變短的原因,探祕志帶大家一探究竟吧。健身的人...