如何在NCBI上查詢某一基因序列及其啟動子
有時研究某一基因需要它的基因序列及其啟動子。現在很多已經測序的物種的序列都很容易找到。這裡以擬南芥某一基因為例,介紹如何利用NCBI查詢這些序列。
操作方法
(01)開啟NCBI官網;
(02)在搜尋框中找到“gene”,並輸入想要查詢的基因號,這裡隨便搜一個(at1g11110),然後“search”;
(03)在搜尋結果中,找到如下圖中的“MapViewer”,檢視基因在染色體中的位置;
(04)下一步的結果就能夠檢視該基因的位置,還有很多其他的資訊,且不管它,找到右上角的“Download/View Sequence/Evidence”,進去下載所需的序列;
(05)你可以檢視到兩種形式的序列:FASTA和GenBank,推薦使用後者,因為可以看到對序列的註釋,可以清楚的看到哪是基因,哪是啟動子,哪是CDS等。而前者只是純粹的序列。點選“display”檢視;
(06)由下圖可以看出,該基因序列範圍:288..2583,mRNA範圍:(288..355,444..467,653..935,1032..1135,1253..1375, 1641..1803,2052..2583),CDS範圍:(444..467,653..935,1032..1135,1253..1375,1641..1803, 2052..2188)。基因中的外顯子不是連續的,因此CDS也不是連續的;
(07)CDS上游的序列就是該基因啟動子部分,而具體的啟動子的長度是不一樣的,可以根據需要進行選擇。如果覺得上游的序列不夠長,可以在右上角設定顯示的鹼基的範圍,從而獲得足夠長度的序列;
(08)希望可以幫到有需要的人。
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